对于倪海厦老师去世的具体原因没有公布，所以坊间猜测传言不少。
有些人说倪海厦老师是隐于世间去写他没有完成的地纪去了，也有人说倪海厦老师22岁出过车祸，输血时感染了乙肝病*，所以是因为肝癌去世的，而倪老师的家人则说他是在睡梦中去世的，不是死于任何癌症。
不过在倪海厦老师去世的当年，他的弟子李宗恩在一个讲座中谈及了倪海厦去世的原因。
李宗恩是美籍华人，斯坦福大学电机工程博士学位，还是加州大学伯克利分校的工商管理硕士，原先在美国硅谷高科技企业工作，是企业的管理人和投资人。
后来因其父患肝癌而转而学医，是经方大师倪海厦的弟子，也是倪老师指定的学术传承人。李宗恩博士擅长使用经方中医来治疗急危重症和特殊复杂的疾病，因其治病效果显著而闻名。
李宗恩博士说倪老师不是因任何癌症原因而去世的，在年9月时，老师的身体状况就已经很不好了。
他的亲戚医院检查，检查结果是身体里是没有任何癌细胞存在，只是老师的心肺功能比较差，其余都一切正常。
所以李宗恩说，倪老师之所以在59岁时去世，只是他在自证预言。
为什么这么说呢？因为倪老师在很多场合都说过59岁是他的生死大劫，运势上大小二限逢是很难躲过的。
倪海厦老师为了让中医得以传承，将自身大部分的精力都用于了著书和教学上。李宗恩在硅谷时经常和倪老师在MSN上探讨，经常一不小心就说到凌晨2点，而倪老师当时是在佛罗里达州，根据时差来算，那时佛州是凌晨5点，倪老师每天会在8点前到医馆，这说明倪老师的睡眠时间是严重不足的。
人生的方式大抵有两种选择：一种是只顾自身好，哪怕可拔一毛而利天下，也不会去做；而另一种就是为了传承自己的知识，宁可燃烧自身，为后人照亮前行的道路，虽身死而道永存。
很显然，倪老师选择了“死而不亡者寿”这条道路。而选择这条路的人通常很难长寿。
倪老师在人纪教学的前期，身体还是丰润壮硕的，但到了年讲授经方课时，已经瘦得只剩皮包骨了。倪老师也经常在文章里说自己时间不多了，他的饭量从原先的三碗变成了半碗，胃气衰弱，也就来日无多了，但是他还有地纪和小儿医学这两个部分没有来得及传承。
倪老师所教的五脏逼*法和文式易筋经都是用来调动身体潜能的功夫，当人在极度劳累之时，练习此功，可以帮助身体迅速恢复状态，但是长此以往，也必然会损坏寿命。
过劳者寿命都不会太长，只有不劳身不劳心的人才能长寿。所以想要长寿，不要太过劳身劳心，要赚取一定的金钱，让晚年不至于生活穷困，但也不能为了赚钱而透支身心，平时还要