济南大学和山东中医药大学两所学校其实都位于济南市，两所学校都是上个世纪就已经成立的公办高校，相对来看，济南大学建校更早一些。济南大学前身山东建筑材料工业学院建校于年；而山东中医药大学前身山东中医学院则建校于年，济南大学要比其早十年之久。
山东中医药大学之所以能被创办，有其历史大背景。解放初期，国内卫生医疗方面薄弱，而医疗卫生一直是高层特别重视的一项民生指标，因此关于如何快速提高国内医疗水平展开了大讨论，年高层定性中西医结合为主，为此各地开始大力发展中医。在大力发展中医的历史大背景之下，山东省才开办了山东中医药大学。
创办山东中医药大学并不是“蛮干快上”，其实是有统一指导思想的，主要是以“就医学来说，要以西方的近代科学来研究中国的传统医学的规律，发展中国的新医学”，根据这个指导思想，医院校建立之初，其实都有一定的西医基底的教师跟随，不仅仅研究中医，主要是以中西医结合为主。而当时的山东省中医、西医基础都很好，所以建校之初就是一所本科高校。恢复高考之后，就被确定为医院校。
整体来看，济南大学的综合实力胜过山东中医药大学一些。这主要是因为，济南大学合并的院校比较多，相关学科建设方面更为突出，而且学校的教研成果也要更多一些。另外济南大学的医学水平同山东中医药大学差距并不大，临床医学方面还要比山东中医药大学略强一些，因此综合实力方面，济南大学更强一些，符合客观事实。