常州大学和南京中医药大学两所学校都隶属于江苏省，而且两所学校都是江苏省重点大学，区别在于常州大学仅仅是江苏省重点大学；而南京中医药大学在年“双一流”评选中胜出，晋级为世界一流学科建设高校，由此步入全国重点大学行列。
南京中医药大学，之所以列入世界一流学科建设高校，一方面是因为，南京中医药大学建校相对较早，而且南京市解放前就是首都，国医文化积淀更好；另一方面是因为，南京中医药大学早期曾被合并如江苏新医学院，使得南京中医药大学在西医方面也有基础，从而推动其在中西医结合、药学等方面的实力大提升，所以造就了南京中医药大学虽然是一所国医类高校，但是擅长的领域要比同类院校更多一些。
南京中医药大学，从校史来讲，其医院校。国内第一批国医类高校，其实就四家，分别是上海中医药大学、广州中医药大学、成都中医药大学和北京中医药大学，这四家也是国医类最牛的院校。不过，南京中医药大学因优势领域更多，积淀深厚，所以也被这四家所接受了，这也是南京中医药大学年能列入“创建世界一流中医药大学合作联盟”，后来这个联盟改成“世界一流中医药大学建设联盟”，并且加入了天津中医药大学，使得六所中医药高校将携手聚合优势资源，共同实施完成“双一流”建设任务。
常州大学，是一所石化院校，他是依托南京化工学院常州分院和无锡分院起家的高校，是江苏省同“三桶油”共建院校，由此可见，常州大学在“三桶油”心目中的位置非常高。总体来看，南京中医药大学的实力胜过常州大学一些，毕竟南京中医药大学是世界一流学科建设高校，“江湖地位”很高。