北京协和医学院前身是年创办的协和医学堂。后来被美国洛克菲勒基金会收购，并投入资金改扩建，成立了现代意义的医学院，定名北京协和医学院。太平洋战争开始，美日处于战争状态，协和医学院就停办了。目前的协和医学院是年复办的高校。解放后更名为北京协和医学院，年升级为中国协和医科大学。年更名为北京协和医学院。
北京协和医学院的实力一直以来就是国内顶级医科高校实力。北京协和医学院虽然叫“学院”并不等于其实力是“学院”水平，前文已经提到了其早在建国初期就已经是“大学”了。协和医学院在临床医学、基础医学、药学方面都是顶级的存在，其他方面也很有实力，但相对其他国内顶级医科院校，还是略有差距。相对综合实力来看北京协和医学院的实力还是非常强。这次入选世界一流学科建设高校，列入重点大学行列也是情理之中。
北京中医药大学创办于年，在中医药院校中是标杆大学，建校早，实力强，成果多，是其特点。学校年就被评为全国重点大学，属于典型的“常青树”牌重点大学。几乎每次评选都会入选，如早在年就进入工程大学，是第一批进入工程大学行列的高校。年再次入选重点大学，进入世界一流学科建设高校。北京中医药大学在中医学、中西医结合方面都是国内顶级，擅长传统医学方方面面，实力绝对是业界首屈一指。
北京协和医学院和北京中医药大学，虽然属于不同领域内的高校，但是两所学校在各自擅长领域内实力都非常强劲。总体来看，北京中医药大学在中医界的实力要胜过北京协和医学院在西医界的影响力和知名度。
这主要西医应用范围广，需要大量的投入和学神级的继承者，这就使得西医竞争更为激烈。尤其是医改之后，医院的效益直接由医生的实力决定，这就加剧了竞争，所以向保持悠久领先，且各个方向都领先，已经非常困难了，所以北京协和医学院的地位没有以前那么高了。但是北京中医药大学就没有这么多烦恼，毕竟现在看中医的很少，很难连接到效益上去，所以竞争不激烈，因此好院校一般都可以长期保持其在业界的地位。