河南中医药大学，位于河南省郑州市。是河南省属全日制普通本科院校，省部共建高校。学校前身是创建于年的河南中医进修学校。年升级为河南中医学院。年升级为河南中医药大学。
河南大学，位于河南省开封市。是河南省属重点大学，是世界一流学科建设高校。学校溯源于年。现河南大学是年以原河南大学文理系科组建的河南师范学院。年更名为开封师范学院。年升级为河南师范大学。年改名为河南大学。年开封医学高等专科学校、开封师范专科学校并入。
河南中医药大学和河南大学建校之初实力差距就非常大。河南大学建校之初就是一所本科高校，而河南中医药大学建校之初仅仅是一所进修学校。而且河南大学获得了名校财产，可以论之为系出名门。而河南中医药大学都靠自身建设，两校的实力差距是非常明显的。在后期的发展过程中，河南大学的发展速度也要明显快于河南中医药大学，早在年河南大学就晋级为“大学”，这要比河南中医药大学早了近40年的时间，这就代表了两校之间的真实差距。当然河南中医药大学之所以发展速度慢，并不能完全怪自身的原因，实际也是全国性的难题，毕竟现在卫生方面西医还是主流，所以中医想发展，还是非常困难的。
根据教育部第四轮学科评估结果来看，河南大学有14个B级学科，16个C级学科，其中最高评级为B+级，教育学、中国语言文学、地理学；河南中医药大学有2个C类学科，其中最高评级为C+级学科的中医学、中药学。两相对比，两所学校的学科建设差距非常明显。
综合来看，河南大学的实力要高于河南中医药大学。